Il primo episodio vide la luce nel 1999, è la base su cui poggiano i due successivi capitoli. Tutto ruota intorno a Neo (Keanu Reeves), ovvero Thomas Anderson un semplice impiegato d'ufficio che passa il suo tempo libero su internet a trafficare come haker. Una vita semplice fino a quando Neo si imbatte in una serie di segni lasciati sul monitor che lo conducono da un uomo chiamato Morpheus, una leggenda tra gli hacker. Questo Morpheus gli propone di giungere alla verità (offrendogli una scelta tra pillola rossa e una azzurra) sul cosiddetto "mondo reale" e Neo accettando scopre di far parte come ogni persona sulla terra di una realtà fittizia, controllata da "Matrix", una Matrice per l'appunto, che tiene gli esseri umani sotto controllo (cit. Morpheus: "Matrix è controllo.") schiavi delle "macchine" evoluzione delle "IA" (intelligenze artificiali) create nel ventunesimo secolo dall'uomo. Coltivati dentro dei tecnologici baccelli rosa gli uomini alimentano le macchine collegati ad esse.
Viene presentato quindi un mondo deforme, nel quale il cielo è stato oscurato dall'uomo stesso, come vuole la filosofia gnostica di cui anche i registi hanno confermato la presenza di molti riferimenti nei tre film, in questo programma atrofizzando le proprie capacità, ogni persona ingabbiata crede di vivere in un "mondo delle meraviglie" senza sapere quanto è "profonda la tana del Bianconiglio" (tutte le citazioni sono ovviamente legate al viaggio fantastico del matematico-scrittore Carroll così come una successiva battuta di Cyper che recita: "allacciati le cinture Alice perché adesso di meraviglie ne vedrai un bel po'"). Neo scoprirà in seguito di essere "l'eletto" ovvero un messia, una anomalia del sistema, che dovrà riportare la Verità alla luce e liberare gli uomini dalle catene in "questa prigione senza odore" attraverso la conoscenza (teoria gnostica), portando la pace tra gli umani e le macchine. Il nome stesso calza a pennello con il suo compito: Thomas = Tommaso l'apostolo del Vangelo di cui è scritto "Il Regno dei Cieli è dentro l'uomo, e lui non lo sa"; "Neo = Nuovo" anagramma di "One"; Anderson = "Son of Ander" o "Son Andros" "figlio dell'uomo". In altre parole ci ritroviamo davanti al mito della caverna descritto da Platone, secondo cui gli uomini vivono incatenati all'interno di una caverna e sono incapaci di voltarsi verso l'ingresso. Fuori da questa c'è un muro e dietro di esso delle persone che portano sulla testa degli oggetti le cui ombre si imprimono sulla parete vista dai prigionieri che credono che la realtà sia solo quella composta dalle ombre. Neo è Socrate ovvero l'uomo che liberatosi torna a raccontare a tutti ciò che ha conosciuto. La maieutica socratica ci insegna che per conoscere dobbiamo mettere in discussione tutte le nostre certezze e il nostro sapere e ridurlo alle basi per poterlo riformulare di nuovo, questo concetto venne ripreso da Descartes nel suo "Discorso sul metodo" ed espresso nella sua famosa affermazione "Cogito ergo sum" (Penso quindi esisto) a questo proposito propongo il dialogo tra Neo e il bambino nella sala d'attesa per interloquire con l'Oracolo (donna capace di prevedere alcuni eventi di Matrix). Il fanciullo ha un cucchiaio in mano e riesce a piegarlo con la forza del pensiero, questo è il concetto di volontà espresso in Marix:

Bambino: "Non cercare di piegare il cucchiaio, è impossibile. Cerca invece di fare l'unica cosa saggia, giungere alla verità."
Neo: "Quale verità?"
Bambino: "Che il cucchiaio non esiste."
Neo: "Il cucchiaio non esiste?!"
Bambino: "Allora ti accorgerai che non è il cucchiaio a piegarsi ma sei tu stesso"

Un altro tema da considerare è quello del "libero arbitrio", della "scelta" (ripresa in parte dalla concezione Kirkegaardiana che afferma che "Nella possibilità tutto è ugualmente possibile") se Neo avesse preso la pillola azzurra, invece di quella rossa, l'umanità non avrebbe mai aperto gli occhi, fino alla venuta di un nuovo eletto, è pur vero che talvolta l'uomo preferisce l'ignoranza alla conoscenza, è il caso di Cypher, il traditore che preferisce cullarsi nella sua fittizia convinzione di essere sveglio (cit. "Sa cosa ho capito? Che l'ignoranza è un bene.") è l'illusione dei "Beati" di cui scrive Ugo Foscolo per mano di Jacopo Ortis (lettera 15) "Beati gli antichi che si credevano degni de baci delle immortali dive del cielo (...) e che trovano il bello e il vero accarezzando gli idoli della loro fantasia! Illusioni!". Al contrario Neo rifiuta il destino in quanto vuole essere artefice delle propria vita attraverso le proprie scelte, così come faranno altri personaggi nel corso degli eventi. Neo non è l'unico a giocare una parte essenziale nel plot, gode della stessa importanza Trinity (Carrie-Anne Moss il nome allude ovviamente alla "Trinità") la donna da lui amata che lo accompagnerà fino alla fine, Morpheus il tramite con il mondo dei sogni (nelle "metamorfosi" di Ovidio), e per ultimo ma non di secondaria importanza Smith, l'antagonista in cerca di uno Scopo, l'Agente capace di moltiplicarsi che vuole imporre con l'egoismo la propria autorità in Matrix. Egli è l'altra faccia di Neo e allo stesso tempo il suo opposto. Per far luce sugli eventi in modo completo dobbiamo necessariamente sviscerare l'opera nella sua interezza analizzando anche gli altri due sequels.